Cada uno de los miembros de Canoa gestiona los recursos necesarios para adelantar las actividades enmarcadas en el ámbito de la alianza. El apoyo financiero a los procesos de Canoa proviene de:

-	Comisión Europea
-	Rausing Foundation-UK
-	Agencia Sueca para el Desarrollo Internacional (SIDA)
-	NOVIB-OXFAM, Holanda
-	Healt Unlimited/Christian Aid/Comunidade Européia - Atenção Básica de Saúde e Supervisão dos Agentes Indígenas de Saúde aos povos indígenas do alto Rio Negro
-	Horizont3000 – Organização Austríaca de Cooperação para o Desenvolvimento/ Campanha Aliança pelo Clima
-	ICCO – Organização Intereclesiástica para Cooperação ao Desenvolvimento (Holanda)
-	IRD - Institut de Recherche pour le Développement, França
-	NCA – Norwegian Church Aid, apoio institucional ao ISA
-	RFN - Rainforest Foundation da Noruega