La complejidad y diversidad del territorio y población que habita en el noroeste amazónico, requiere una comprensión integral de todos los temas y sectores a impulsar en él. Por esto, el grupo de cooperación y alianza canoa se hace fundamental en la medida en que es capaz de mantener articulados los temas de trabajo y reflexión a nivel conceptual y territorial. Para los pueblos indígenas es imposible concebir temas como la salud y la educación sin la dimensión territorial, en ese orden los conocimientos asociados a los recursos naturales, su manejo y conservación, es quizás el elemento más importante de su formación como personas y de su supervivencia como pueblos.

canoa mantiene su alianza sobre el trabajo integral de los diferentes temas seleccionados como prioritarios, en ese contexto durante los dos años de su existencia se han desarrollado los siguientes grupos de trabajo: