La iniciativa nació con el nombre Alianza en el Norte y Oriente Amazónico en septiembre de 2001, cuando algunos de sus miembros (ORPIA, OPIAC, Gaia Amazonas y Etnollano) se reunieron en Puerto Ayacucho, Estado Amazonas, Venezuela, para apoyar la consolidación de los derechos indígenas y la conservación del medio ambiente en el Noroeste Amazónico a partir de experiencias de trabajo concretas. (Ver Acta No. 1- I Reunión de CANOA). Se creó un comité coordinador y una Secretaría Técnica que fue asumida por la Fundación Gaia Amazonas (Colombia) y se empezó a trabajar en demarcación y ordenamiento territorial, salud, y protección al conocimiento tradicional. A la primera reunión no pudieron asistir ISA y FOIRN de Brasil, pero si asistieron a la segunda llevada a cabo en abril de 2002, en Leticia, Colombia. En esta reunión se definieron nuevos temas de trabajo como cartografía, bases de datos y educación, y se decidió que la iniciativa de cooperación regional adoptaría el nombre más simbólico de CANOA. (Ver Acta No. 2-II Reunión de CANOA). A partir de entonces CANOA se constituyó en una alianza para promover un desarrollo coherente con el pensamiento tradicional indígena en el Noroeste de la Cuenca Amazónica, en particular, a lo largo de las fronteras entre Brasil, Colombia y Venezuela.
En la tercera reunión que tuvo lugar en noviembre de 2003 en la ciudad de Villa de Leyva, Colombia, se incluyó el tema de proyectos productivos y se continuó avanzando en el apoyo a iniciativas locales en los temas seleccionados. (Ver Acta No. 3-III Reunión de CANOA). En febrero de 2005 se realizó una evaluación de los avances de la alianza, en la cual el evaluador, Vincent Brackelaire, determinó unos niveles de cooperación que luego se convertirían en las principales líneas de acción: Canoitas, Canoas Temáticas y Canoas Grandes. (Ver documento de la Evaluación). En Noviembre de 2005 se llevó a cabo la primera reunión de Canoa Grande en Leticia, Colombia. A esta reunión se invitó a participar a representantes de organizaciones indígenas de base de Colombia y Brasil y a la organización Wataniba de Venezuela y se definieron las estrategias y acciones futuras de cooperación en todos los temas. (Ver Memorias de la IV Reunión de CANOA).
A partir de entonces, las organizaciones indígenas y ONGs que realizan actividades en el marco de CANOA, establecen acuerdos de cooperación según sus prioridades, para intercambiar información y/o experiencias en los temas de Salud, Educación, demarcación de tierras, ordenamiento territorial, cartografía, gobierno local y propiedad intelectual, entre otros.
La siguiente reunión de Canoa Grande se llevó a cabo en Sao Gabriel de Cachoeira, Brasil, del 23 al 26 de julio de 2007. Allí se buscó promover la integración regional a través de la articulación de los procesos locales. Teniendo en cuenta que las regiones de los tres países que integran el Noroeste Amazónico presentan realidades diferentes. En cada país se tiene unas políticas e instituciones que adelantan importantes procesos socioambientales. Aunque las políticas son diferentes en cada país, convergen sin embargo en la consolidación de los territorios indígenas y su manejo autónomo. Sin embargo, los problemas son similares: recursos/medios nacionales limitados y necesidad de consolidación de los procesos ante las contradicciones de las políticas y ante los intereses opuestos. En esta reunión se concluyó que CANOA se ha consolidado como un espacio de intercambio de información y experiencias para construir una visión y una conciencia socioambiental de región que oriente sistemas de desarrollo acordes con sus particularidades biológicas y culturales. (Ver memorias de la V Reunión de CANOA).
El panorama político e institucional es hoy mucho más claro y en proceso de consolidación en los tres países, pero los procesos indígenas son frágiles, en particular a nivel de las tierras indígenas, siempre en peligro de retrocesos si no hay vigilancia, lobby nacional e internacional a través de instituciones aliadas, generalmente ONGs, que tienen el espacio político necesario. En ese contexto, CANOA se ha convertido en una red de coordinación y cooperación, que ha permitido dar un primer paso para la articulación de procesos locales que adelantan los Pueblos Indígenas separados por las fronteras nacionales; el intercambio de experiencias entre las ONGs que apoyan tales iniciativas; el establecimiento de espacios de información y apoyo de las ONGs a entidades gubernamentales; y la posibilidad de generar políticas y programas tri-nacionales dirigidos a los Pueblos Indígenas y territorios fronterizos.
La VI Reunión de CANOA Grande se llevó a cabo en Leticia (Amazonas, Colombia), del 25-28 de agosto de 2009, con la participación de organizaciones indígenas, ONGs y entidades gubernamentales de Colombia, Brasil y Venezuela que desarrollan acciones en el Noroeste Amazónico. En esta reunión se hizo una presentación de apertura de los participantes, quienes contextualizaron e hicieron ponencias sobre conservación. Se adelantó un intercambio de experiencias por cuencas (Orinoco, Negro, Caquetá) para la construcción de un mapa regional de actores y se avanzó en la construcción de una visión de desarrollo amazónico por cuencas (Orinoco, Negro, Caquetá). Adicionalmente se establecieron los lineamientos para la construcción de una estrategia regional de conservación y desarrollo sostenible en el Noroeste Amazónico. Para más información véase las memorias de la reunión de Leticia. (Ver memorias de la VI Reunión de CANOA).
Finalmente, entre el 6 y 7 de Julio de 2010 se llevó a cabo la más reciente reunión de CANOA, para analizar la visión a largo plazo (al año 2030) del Noroeste Amazónico y el rol de CANOA dentro de ese escenario. En esta reunión se definieron objetivos y proyecciones a futuro (2030) desde la perspectiva de cada una de las instituciones participantes. Para más información véase las memorias de la reunión de Sao Paulo. (Ver Memorias de la Reunión de CANOA en Sao Paulo, Brasil).

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